Ide masyarakat untuk memiliki sebuah Perguruan Tinggi Negeri di kawasan Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT), akhirnya terjawab melalui satu proses yang cukup panjang. Karena Universitas Nusa Cendana (Undana) dibangun atas dasar cita-cita besar masyarakat NTT untuk mendapatkan pendidikan yang lebih layak, karena itu Panitia pendiri mengusulkan adanya satu Universitas Negeri di daerah ini.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan llmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 111 Tahun 1962 tanggal 28 Agustus 1962, ditetapkan berdirinya Universitas Negeri yang berkedudukan di Kupang terhitung mulai tanggal 1 September 1962, sekaligus ditetapkan sebagai tanggal lahirnya (Dies Natalis) Universitas Negeri di Kupang.

Panitia Persiapan Pendiri, mengajukan 3 (tiga) nama yakni Nusa Cendana, Paraja dan Liurai. Dari ketiga nama tersebut, ternyata yang disetujui adalah Nusa Cendana sesuai dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 67 Tahun 1963, tanggal 23 April 1963 dan sejak itu nama Universitas Negeri yang baru diresmikan itu adalah Universitas Negeri Nusa Cendana, disingkat Undana.

Pendiri Universitas Nusa Cendana yang semula bernama Universitas Negeri Kupang, adalah W.J. Lalamentik yang pada saat itu menjabat sebagai Gubernur Provinsi Nusa Tenggara Timur, Kapten El Tari dan Drs. R. Karsono Kramadiredja sebagai Sekretaris I dan II yang dilengkapi dengan lima seksi terdiri atas para pejabat dan tokoh masyarakat NTT. Sementara peresmian Universitas Negeri yang baru berdiri itu dilaksanakan pada tanggal 17 September1962 bertempat di ruang DPRD Tingkat I NTT.

Untuk kelancaran tugas Universitas Negeri yang baru itu dibentuklah pimpinan Universitas dan ditetapkan berdasarkan Keputusan Menteri PTIP Nomor 162/MP/1962 tanggal 14 Pebruari 1962, serta mengangkat Catur Tunggal Provinsi NTT sebagai Presidium Universitas yang diketuai oleh Muhamad Salim, SH (Kepala Kejaksaan Tinggi di Kupang) dan Drs. S. Daud sebagai Sekretaris. Selain itu, telah dibentuk pula Yayasan Universitas yang diketuai oleh W.C.H. Oematan.

Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan (SK) Menteri PTIP Nomor 111 Tahun 1962 diperkuat dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 67 Tahun 1963, tanggal 23 April 1963, Universitas Nusa Cendana memiliki 4 (empat) Fakultas yakni Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FKK, 1962), menyusul Fakultas Peternakan (1964), berikut IKIP Malang Cabang Kupang yang kemudian dilebur dan diintegrasikan ke dalam Undana menjadi Fakultas Keguruan dan llmu Pendidikan (FKIP1964).

Pada tahun 1982 dikembangkan lagi Fakultas Hukum (FH), selanjutnya menyusul tahun 1983 dibuka Fakultas Pertanian. Namun karena beberapa alasan teknis antara lain karena kendala dosen dan laboratorium, maka Fakultas Peternakan dan Fakultas Pertanian belum dapat berfungsi, sementara Fakultas Keguruan dan llmu Pendidikan selain dibuka di Kupang dengan jurusan llmu Hukum, Ekonomi dan llmu Hayat, juga terdapat cabang di Ende dengan jurusan llmu Pasti Alam, Pendidikan dan Bahasa Inggris.

Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0621/O/1967, Fakultas Hukum diintegrasikan ke Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan dan berubah menjadi Fakultas Ketatanegaraan, Ketataniagaan dan Hukum (FKKH) yang berstatus sebagai departemen dengan dua jurusan yaitu Hukum Perdata dan Hukum Pidana. Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 1982, FKKH dipecah menjadi dua Fakultas yaitu Fakultas Hukum dan Fakultas llmu Administrasi (FIA), dan beberapa tahun kemudian FIA berubah nama menjadi Fakultas llmu Sosial dan llmu Politik (FISIP) dengan tiga jurusan yaitu Jurusan Administrasi Negara, Niaga dan Jurusan Sosiologi. Tahun 2008, FISIP menambah lagi dua jurusan yaitu Jurusan llmu Komunikasi dan Jurusan llmu Politik. Tahun 2011, Jurusan llmu Administrastrasi Niaga berubah menjadi Jurusan Administrasi Bisnis. Kemudian pada tahun 2012, FISIP menambah lagi Program Studi Akuntansi dan Ekonomi Pembangunan sebagai cikal bakal Fakultas Ekonomi dan Bisnis.

Pada tahun 2010, Undana membuka Program Studi Kedokteran Hewan, yang menjadi cika-bakal Fakultas Kedokteran Hewan. Prodi ini sebagai suatu UPT bertanggungjawab langsung kepada Rektor. Program Studi Kedokteran Hewan Undana ini merupakan Program Studi Kedokteran Hewan ketujuh di Indonesia.

Fakultas Pertanian dibuka pada tahun 1982 dan pertama kali menerima mahasiswa baru dengan dua jurusan, yakni Jurusan Agronomi dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian, dan kemudian dibuka Fakultas Non Gelar Teknologi (FNGT) dengan dua jurusan yakni Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Penyuluh Pertanian Terpadu. Jurusan yang disebut terakhir ini sejak tahun 1989 dialihkan ke Fakultas Peternakan. Namun dua tahun kemudian tepatnya tahun 1991 FNGT ditutup dan Jurusan Penyuluh Pertanian Terpadu dialihkan ke Fakultas Pertanian.

Selanjutnya dibuka Unit Pelaksana Teknis (UPT) Teknik dengan Jurusan Teknik Sipil. Pada tahun 1994 dibuka pula UPT Perikanan dan Kelautan dengan Jurusan Perikanan dan Kelautan, sementara itu pada UPT Teknik bertambah dua Jurusan lagi yakni Jurusan Teknik Mesin dan Jurusan Teknik Elektro. Demikian pula halnya dengan Fakultas Pertanian bertambah dua Jurusan lagi, yaitu Jurusan llmu Hama dan Penyakit Tanaman serta Jurusan llmu Tanah.

Dalam perkembangan selanjutnya, sesuai dengan Surat Keputusan Pengesahan Direktur Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor 2802/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001 dibuka Fakultas Sains dan Teknik (FST) dengan 4 (empat) jurusan, yaitu Jurusan/Program Studi (Prodi) Matematika, Biologi, Fisika dan Kimia. Beberapa tahun kemudian FST menambah lagi tiga jurusan/Prodi baru yakni Jurusan llmu Pertambangan llmu Komputer dan Teknik Arsitektur.

Dalam tahun yang sama, berdasarkan Surat Keputusan Pengesahan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor 194/0/2001 tanggal 28 Desember 2001 dibuka pula Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) dengan 5 (lima) Jurusan, yakni Jurusan Epidemilogi dan Biostatistika, Jurusan Kesehatan Kerja dan Kesehatan Lingkungan, Jurusan Administrasi dan Kebijakan Kesehatan, Jurusan Pendidikan dan Kesehatan dan Perilaku, dan Jurusan Gizi Kesehatan Masyarakat.

Pada bulan Agustus 2001, Undana membuka Program Pascasarjana Strata 2 (S-2) dengan 3 (tiga) program studi yakni: Program Studi Manajemen Pembangunan Peternakan, Program Studi Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Lingkungan, dan Program Studi Administrasi Publik. Beberapa tahun kemudian bertambah lagi Program Studi llmu Hukum (tahun 2005), Program Studi Linguistik (tahun 2008), Program Studi IPS (tahun 2012), Program Studi llmu Ternak (S3) tahun 2012, Program Studi llmu Administrasi (S3) tahun 2013, Program Studi llmu Kesehatan Masyarakat (tahun 2013) dan Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris (tahun 2013). Dalam perkembangan, terjadi perubahan kodefikasi program studi srata 2 (S2) yaitu Program Studi Manajemen Pembangunan Peternakan menjadi llmu Peternakan, Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan menjadi llmu Lingkungan dan Program Studi Administrasi Publik menjadi llmu Administrasi.

Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional (Depdiknas) Nomor 212/D/T/2008, tanggal 11 Juli 2008 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter (SI), dan Surat Keputusan Rektor Universitas Nusa Cendana Nomor 170/PP/2008, tanggal 20 September 2008 tentang Pendirian Fakultas Kedokteran yang disingkat FK. Selanjutnya pada tahun 2013 melalui Surat Keputusan Rektor Undana didirikan lagi tiga fakultas baru yakni Fakultas Kedokteran Hewan, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, dan Fakultas Kelautan dan Perikanan.

Dengan lahirnya OTK Undana yang baru melalui Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 25 Tahun 2021 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Nusa Cendana maka dilakukan merger fakultas-fakultas non-OTK kecuali Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Fakultas yang merger adalah Fakultas Kedokteran dan Fakultas Kedokterna Hewan yang merger menjadi Fakultas Kedokteran dan Kedokteran Hewan (FKKH), sementara Fakultas Kelautan dan Perikanan bergabung ke Fakultas Peternakan dan berubah nama menjadi Fakultas Peternakan, Kelautan dan Perikanan (FPKP).

Dengan demikian, hingga saat ini Undana memiliki 1 (satu) Program Pascasarjana (PPs) dan sembilan fakultas, yaitu :

1. Fakultas Keguruan dan llmu Pendidikan (FKIP),
2. Fakultas Peternakan, Kelautan dan Perikan (FPKP)
3. Fakultas llmu Sosial dan llmu Politik (FISIP),
4. Fakultas Hukum (FH),
5. Fakultas Pertanian (Faperta),
6. Fakultas Sains dan Teknik (FST),
7. Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM),
8. Fakultas Kedokteran dan Kedokteran Hewan (FKKH),
9. Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB)

Total jumlah program studi di Undana berjumlah 67 yang terdiri dari 3 Program Studi S3, 12 Program Studi S2, 3 Program Profesi, 48 Program Studi S1, dan 1 Program Studi D3.

Pada tingkat kelembagaan, telah dibentuk Lembaga Penelitian yang sebelumnya berstatus sebagai Pusat Penelitian dan Lembaga Pengabdian Kepada Masyarakat. Beberapa tahun kemudian, Undana menambah lagi Lembaga Pembinaan dan Pengembangan Pembelajaran (LP3) dan Lembaga Penjaminan Mutu dan Audit Internal (LPMAI) dan pada Juli 2010 LPMAI berubah nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (LPMPT). Dengan adanya OTK yang baru maka kedua lembaga tersebut merger menjadi Lembaga Pembinaan dan Pengembangan Pembelajaran dan Mutu (LP3M)

LP3M  memiliki lima pusat yaitu

1. Pusat Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran
2. Pusat Manajemen Mutu, AMI, dan Akreditasi
3. Pusat Mata Kuliah Umum dan Mata Kuliah Penciri Universita
4. Pusat Kode Etik Pelatihan, dan Monev, dan
5. Pusat Pembelajaran Luar Program Studi.

Lembaga Penelitian memiliki lima Pusat yakni :

1. Pusat Studi Lingkungan Hidup, Sumberdaya Alam, dan Agro-ekologi
2. Pusat Studi HAM, Gender, Anak, dan Kependudukan
3. Pusat Studi Kebudayaan dan Pariwisata,
4. Pusat Studi Komodo, Savana, dan Ekowisata
5. Pusat Studi Kebijakan dan Otonomi Daerah,

Sedangkan Lembaga Pengabdian Kepada Masyarakat memiliki lima Pusat yaitu :

1. Pusat Layanan Pengembangan Inovasi, Publikasi dan HKI
2. Pusat Layanan Informasi Kesempatan Kerja dan Pengembangan Karier,
3. Pusat Layanan Promosi Kesehatan
4. Pusat Layanan Pengembangan Kuliah Kerja Nyata dan
5. Pusat Layanan pengembangan Kapasitas, Legal Drafting, dan anti Korupsi

Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 2 Tahun 2009 tentang Statuta Undana, pada pasal 7 mengatur pelaksana administrasi Undana terdiri dari: Biro Administrasi Umum dan Keuangan (BAUK) dan Biro Administrasi Akademik Kemahasiswaan, Perencanaan dan Sistem Informasi (BAAKPSI). Namun dengan adanya Peraturan OTK yang baru  (Permendikbudristek Nomor 25 Tahun 2021) maka Undana memiliki tambahan satu biro baru yakni Biro Perencanaan, Kerjasama, dan Sistem Informasi. Sedangkan Biro BAAKPSI berubah nama menjadi Biro Akademik dan Kemahasiswaan (BAK). Ketiga biro tersebut masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Biro yang dalam melaksanakan tugasnya, bertanggungjawab kepada Rektor.

Sedangkan dari aspek teknis penunjang akademik telah dibentuk empat Unit Pelaksana Teknik (UPT) dan Pusat masing-masing:

1. Mata Kuliah Umum (MKU);
2. Perpustakaan;
3. Komputer;
4. Pusat Bahasa;
5. Laboratorium Riset Terpadu;
6. Klinik Pratama; dan Rumah Sakit Undana
7. Rumah Sakit Hewan Pendidikan
8. Laboratorium Lapangan Terpadu Pusat Unggulan IPTEKS Lahan Kering Kepulauan. Disamping itu dibuka Unit Bimbingan Konsultasi Psikologi..

Universitas Nusa Cendana memasuki usia ke-55 mengalami suatu transformasi dari perguruan tinggi yang berstatus Satker menjadi perguruan tinggi Badan Layanan Umum (BLU) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 166/MKM.05/2017 tentang Penetapan Universitas Nusa Cendana pada Kemenristekdikti Sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan BLU sejak 3 Maret 2017.

Perubahan menjadi BLU berpadanan dengan fase kedua dari roadmap Universitas Nusa Cendana 2010 – 2025 yaitu peningkatan otonomi dan mutu pendidikan tinggi. Diharapkan status manajemen Universitas Nusa Cendana sebagai BLU, yang saat ini sedang mempersiapkan diri untuk bertransformasi menuju PTNBH, memberikan peluang dan tantangan yang mendorong percepatan kemajuan Universitas Nusa Cendana dalam peningkatan mutu pelayanan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat untuk mewujudkan visi “Universitas Berwawasan Global”.